A droite du choeur, l'extrémité Est du collatéral Sud est occupée par le Retable de Saint Jean-Baptiste en bois polychrome. Ce retable présente la même disposition générale, seules diffèrent les scènes et les deux statues.

Le panneau central se divise en trois registres : dans la partie inférieure droite, un groupe de deux anges chantant accompagné d'un troisième jouant de la cithare, se tient à côté de Zacharie et Elizabeth. Aux pieds de cette dernière sont Jean et Jésus. La partie médiane représente Hérode trônant et la Décollation de Saint Jean dont la tête est déposée par son bourreau sur le plat que tient Salomé. Quant au registre supérieur, il représente le Baptême du Christ et à l'arrière plan, trois anges tenant la tunique du Christ. Deux têtes d'angelots figurent dans le ciel. Des rayons lumineux se propagent, symbolisant la colombe placée au-dessus du retable de la même manière que pour le retable précédent. Le Saint Père domine l'ensemble.

La partie latérale gauche du retable comporte la statue de Saint Michel écrasant le diable sous laquelle est sculptée en bas-relief le Combat des bons et mauvais anges. La partie latérale droite du retable se constitue de la statue de Saint Jean-Baptiste et d'un bas-relief représentant son prêche sur les bords du Jourdain.

La partie représentant Zacharie et Elizabeth accompagnés de Saint Jean-Baptiste et du Christ a été influencée par la Sainte Famille de Barthélémy Spranger (Anvers 1546 - Prague 1611) d'après René Couffon dans le Bulletin de la Société d'Emulation de 1953. Spranger a gravé à Rome en 1567 une Sainte Famille qui a été reproduite par un des membres de la famille Sadeler, peut-être Jan Ier, graveurs en Flandre. Cette copie a servi à diffuser le modèle. René Couffon a également fait le lien entre le bas-relief de la partie latérale gauche représentant le Combat des bons et mauvais anges et la Chute des anges rebelles peinte à Rome entre 1606 et 1608 par Rubens qui l'a faite gravée vers1610 par Corneille Galle (Anvers 1576-1650), dont l'estampe a été éditée à Anvers par Cornelis de Boudt et a servi probablement de modèle ici.

L'encadrement baroque de ce retable provient du même atelier que celui du Retable de la Passion.

Le retable de Sainte Anne occupe l'extrémité du bras du transept Sud. Il se compose de trois travées. Dans la partie inférieure du retable, quatre niches abritent respectivement de gauche à droite, le Riche, Saint Yves, Saint Hervé, Saint Cadou. La niche du Riche et de Saint Cadou sont situées entre des pilastres ajourés, décorés de pampres de vigne, de branches de lauriers, de cartouches et de têtes d'angelots.

Dans la travée latérale gauche, la statue de Joachim placée dans une niche est encadrée de colonnes peintes en faux marbre gris ou rouge sombre à chapiteau corinthien. La travée latérale droite est composée de la même manière : la niche abrite la statue de Saint Joseph. La partie centrale est occupée des statues de la Vierge à l'enfant et de Sainte Anne personnage hiératique exécutée par l'atelier de Jean Berthoulous de Brest. L'entablement est richement décoré de têtes d'angelot, de rinceaux et d'entrelacs dorés. La partie centrale de l'entablement de forme semi-circulaire est surmontée d'un ove.

Les travées latérales supportent une niche surmontée de volutes soutenant un petit fronton : à gauche, la niche contient Sainte Barbe tenant sa tour et une plume de paon. A droite, la niche contient Sainte Marguerite et à ses pieds un dragon tenant dans sa gueule un morceau de vêtement de la Sainte.

La partie centrale est surmontée d'une grande niche encadrée de colonnes torses dorées, décorées de deux consoles et d'un fronton courbe. Le retable est attribué à Gabriel Carquain, artiste local qui a réalisé le retable du Saint Sacrement en 1662 à Saint-Thégonnec.

Le retable du Grand Prêtre ou de Saint-Mathurin est également attribué à Gabriel Carquain. Il fait pendant au retable de Sainte Anne. La partie inférieure se compose de quatre niches seule une abrite encore Saint Laurent. Dans la partie centrale la statue de Saint Mathurin est représentée portant l'aube et l'étole. Il est encadré de pilastres à chapiteau composite ornés de feuilles de laurier et de colonnes torses ajourées représentant des rubans et des pampres de vigne qui s'enroulent. A la base du retable sont accolées des consoles renversées où sont assis des putti. Trois niches du même type que celle du retable de Sainte Anne surmontent l'ensemble : de gauche à droite sont disposées les statues de Saint Roch, un groupe de la Trinité et Saint Sébastien. Ce retable invoque la guérison des fidèles contre la peste.

Les retables de Sainte Marguerite et de Saint Laurent du XVIIème siècle proviennent du même atelier. Ils sont placés avant le transept. Les niches abritant les Saints sont encadrées de colonnes torses à chapiteau corinthien surmontées d'un entablement curviligne supportant un fronton triangulaire.

Le bénitier des Diables (1622) est placé à l'intérieur de l'église sur le mur méridional, à droite du retable de Saint-Laurent. La cuve est décorée d'angelots et de godrons. Au fond de celle-ci, se love un serpent. Des atlantes se tordent sur le bord de la cuve de part et d'autre d'une coquille. Au-dessus de cette dernière est représenté en bas-relief le Baptême du Christ.

Le Christ en prière se tient entre Jean à gauche qui le baptise et un ange à droite qui tient sa tunique. La scène est surmontée d'un fronton formé de deux consoles renversées. Ce bénitier porte un décor renaissant, influencé de l'atelier de Kerjean.

Les stalles datant du XVIIème siècle ont été restaurées à la fin du XIXème siècle. Des cariatides soutiennent les accoudoirs en forme de monstres à la gueule ouverte. Les motifs sont classiques.